Une étude inédite sur le risque infectieux


Si l'humain pollue son environnement de mille manières, ce dernier nous le rend bien. C'est l'objet d'une étude inédite sur les micro-organismes du littoral.

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Archive : Analyse d'un échantillon dans le laboratoire bordelais Aquitaine Microbiologie dans le cadre d'Aqui-Litt

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Publication PUBLIÉ LE 27/01/2022 PAR Solène MÉRIC

C’est une étude vaste et inédite. De 2017 à 2020, les équipes du Docteur Fatima M’Zali, à la tête de la cellule de transfert Aquitaine Microbiologie, à Bordeaux, ont étudié la microbiologie du littoral néo-aquitain. Objectif de ce projet « Aqui-Litt »: établir une cartographie des micro-organismes présents sur les 720 km de littoral de la région et identifier ceux qui présentent des résistances aux antibiotiques. Elle va, sous le nom désormais de « Nova Litt », connaître de nouveaux développements plus axés sur la prévention du risque sanitaire.

« Le risque infectieux et viral est une des 4 menaces principales pour la santé dans le monde », prévient le professeur Franck Chauvin, Président du Haut conseil de la Santé Publique. L’honorable infectiologue était invité en début de semaine à Bordeaux pour intervenir en préambule de la présentation de l’étude Aqui-Litt. En Europe, 30 000 personnes meurent chaque année en raison d’une infection résistante aux antibiotiques. « Dans le monde, ce sont 1,27 million de décès annuels anticipés qui sont attribuables à l’antibiorésistance », insiste le professeur. Selon lui, « la seule façon d’en sortir est d’avoir une vision globale et de considérer tous les déterminants de l’antibiorésistance, et pas uniquement dans la santé humaine ».

Englober environnement, santé animale et santé humaine, selon le concept “One Health”, est aussi le point de départ de l’étude Aqui-litt, initiée et dirigée par le Docteur Fatima M’Zali. Elle s’est focalisée quant à elle sur l’environnement marin. Une première, le milieu marin n’ayant pas été à ce jour étudié « sauf pour rechercher des germes d’origine fécale comme marqueurs de la pollution de l’eau », pointe la chercheuse.

6 sites, 550 échantillons, 2630 micro-organismes

Entre mai 2017 et octobre 2020, « 550 échantillonnages ont été réalisés sur 6 sites de la côte Atlantique, de la Rochelle à Hendaye », décrit Fatima M’Zali. 450 prélèvements dans l’océan (eau, substrat, poissons, algues, sable), 120 prélèvements ont eu lieu sur des animaux d’élevage côtiers, et 120 sur des patients de cabinets de médecine de ville auxquels s’ajoutent de nombreux relevés hospitaliers de Bayonne et Bordeaux. L’étude cherche aussi à corréler ses résultats aux études de surveillance de germes émergents responsables d’infections chez des patients hospitalisés ou suivis en médecine de ville.

Côté résultats, « 2630 micro-organismes ont été caractérisés et soumis au test de tous les antibiotiques humains et vétérinaires existants », annonce Fatima M’Zali. Les bonnes nouvelles ? « 70 à 80% des micro-organismes identifiés ne poussent pas à 37°C ou en absence de sel. Ce qui signifie, sur ces micro-organismes là, un risque bas d’infection du patient. » Autre élément positif, et assez inattendu: « nous avons trouvé chez certaines algues et poissons des micro-organismes d’intérêt », comprendre des bactéries productrices d’antimicrobiens, qui pourraient, à terme, être utiles à l’industrie agroalimentaire, mais aussi dans la recherche de solutions alternatives nouvelles, notamment pour la santé animale et humaine.

Vibrio, nouveau visage marin de l’antibiorésistance clinique
Autre enseignement important dans l’approche environnemental de l’étude : « Plus on est loin des côtes, plus il y a une diminution drastique de la fréquence des bactéries multirésistantes ». Difficile ici, de ne pas mettre en lien l’activité humaine côtière dont notamment l’évacuation des eaux usées sur le littoral… A proximité du rivage ces bactéries multirésistantes sont de deux types : des micro-organismes d’origine fécale, ce qui n’a rien d’étonnant, mais aussi « des micro-organismes d’origine marine, qui ont acquis des gènes d’antibiorésistance, et que l’on retrouve dans les relevés hospitaliers », souligne la chercheuse. En d’autres termes, les allers-retours et échanges de bactéries résistantes entre humains et environnement se font bien dans les deux sens.

Parmi ces bactéries marines retrouvées dans les analyses des patients figure le Vibrio à l’origine de « gastro-entérites, d’infections cutanées, d’infections osseuses (2 amputations relevées), des otites, des infections cardiaques, pulmonaires ou bien encore des septicémies chez des personnes immunodéprimées», relève l’infectiologue Mathilde Pujas. L’ensemble des patients avaient bel et bien eu un contact avec l’environnement marin, que ce soit par consommation de produits de la mer, blessures avec des coquillages, baignades alors qu’ils avaient une blessure, ou inhalation d’eau de mer.

La mauvaise nouvelle c’est que le réchauffement des eaux,  favorise la pousse du Vibrio et d’autres éléments pathogènes, « Un seul degré supplémentaire peut déclencher une pousse » avertit Fatima M’Zali.

Alerter et se prémunir
Pour mesurer ces risques sanitaires et suivre d’éventuels phénomènes émergents sur le littoral, une nouvelle étude se prépare sur la période 2022 – 2025. « Nova-Litt » sous la responsabilité du Professeur Charles Cazenave, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Bordeaux, vise à élargir cette bio-surveillance à tous les micro-organismes potentiellement dangereux pour la santé humaine. Avec le concours de l’Union européenne, de la Région Nouvelle-Aquitaine et du groupe vétérinaire Ceva Sante animale, l’ambition est de suivre de façon concomitante, l’évolution des contaminations microbiennes cliniquement significatives dans l’eau, chez les animaux d’élevage côtiers, en médecine de ville et dans les hôpitaux. Objectif concret, à l’heure du Covid-19 lui-même d’origine animale, « alerter et tenter de se prémunir de futures épidémies / pandémies », explique le Professeur.

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