La traque des variants du Covid-19 se poursuit dans les eaux


Les prélèvements sont effectués par des agents de Limoges Métropole en sortie de collecteurs d’eau

Les résultats sont publiés sur le réseau de surveillance Obépine.UMR INSERM 1092 et Limoges Métropole

Les résultats sont publiés sur le réseau de surveillance Obépine.

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Publication PUBLIÉ LE 30/03/2022 PAR Corinne Merigaud

La surveillance du Covid-19 dans les eaux usées est menée depuis près de deux ans à Limoges par l’équipe du professeur Sophie Alain, virologue au CHU de Limoges qui traque le SARS-Cov-2 et ses variants, comme le dernier en date le BA 2. Ses travaux, qui ont bénéficié du soutien financier de la Région à hauteur de 200 000 euros, font désormais partie du programme régional « One Health ». Pour renforcer la surveillance, un outil de simulation est en cours d’élaboration.

Les variants du Covid 19 sont toujours recherchés dans les eaux usées rejetées par les habitants de Limoges et le nouveau, le BA2, un sous-variant d’Omicron a été rapidement détecté. Depuis mai 2020, les analyses s’enchaînent afin de déterminer le plus en amont possible l’arrivée de nouveaux variants. Limoges a fait partie des villes pionnières dans ce domaine tout comme Marseille, Paris et Strasbourg. Ces analyses ont été initiées par la Communauté urbaine Limoges Métropole, en partenariat avec la Ville de Limoges, l’unité locale Inserm 1092 de l’Université et le CHU. Quatorze points de contrôle stratégiques ont été suivis ces derniers mois avec des prélèvements qui concernaient 285.000 habitants regroupés sur certains quartiers de Limoges, à Landouge et Verneuil-sur-Vienne.

Un suivi efficace des différents variants

Les échantillons prélevés sont passés au crible par l’UMR INSERM 1092 de l’Université et du CHU de Limoges puis mis en ligne sur le réseau Obépine. « Nous suivons toujours la station d’épuration de Limoges avec deux prélèvements par semaine, précise Christophe Dagot, enseignant-chercheur à l’Ecole nationale supérieure d’ingénieurs de Limoges, des agents de Limoges Métropole font aussi des prélèvements tous les quinze jours dans les collecteurs des eaux usées d’une dizaine de quartiers très urbanisés sur Limoges, à la prison et dans les résidences universitaires. »

Leurs travaux, qui auraient dû s’arrêter en janvier dernier, se poursuivent puisque de nouveaux variants apparaissent. En Haute-Vienne comme dans de nombreux départements, le Covid-19 connaît un nouveau rebond épidémique avec un taux d’incidence en nette progression pour la semaine du 16 au 22 mars, à savoir 1.012 cas positifs pour 100 000 personnes contre 842 la semaine précédente. Les virologues procèdent à des séquençages pour détecter les différents variants. « Nous suivons désormais les variants au fur et à mesure qu’ils arrivent sur les sites», précise le chercheur. « Ce n’était pas le cas il y a un an puisque l’on se souciait alors très peu des variants. Nous avons suivi le Delta et la dynamique d’Omicron que nous avons détecté très rapidement car, sur le réseau, la concentration est supérieure par rapport à la station d’épuration qui est impactée par les eaux pluviales. Les résultats sont donc assez efficaces. »

Un outil de simulation en cours d’élaboration

L’équipe travaille sur la conception d’un outil de simulation qui améliorera le suivi de l’arrivée des variants. Il concerne pour l’heure uniquement le quartier de La Bastide qui concentre une population élevée et accueille un EHPAD. Ce quartier est directement relié à la station d’épuration par un tuyau ce qui facilite le suivi. « En collaboration avec Limoges Métropole, nous sommes également en train de modéliser une partie du réseau des eaux usées où les prélèvements sont faits pour déduire les eaux pluviales », détaille Christophe Dagot, « lorsque nous aurons un résultat à la station, nous pourrons voir de quel quartier provient le virus, remonter dans le réseau pour localiser le point d’arrivée. C’est très compliqué car il faut avoir une connaissance parfaite des réseaux et il nous manquait des données. Ensuite, l’objectif sera de générer un signal de contamination fictif pour voir ce qui se passe à la station afin d’affiner un peu notre modèle.» 

Les prélèvements sont effectués par des agents de Limoges Métropole en sortie de collecteurs d’eauUMR INSERM 1092 et Limoges Métropole

Les prélèvements sont effectués par des agents de Limoges Métropole en sortie de collecteurs d’eau

Cette pandémie mondiale a permis aux équipes de chercheurs de parfaire leur méthodologie, un secteur qui a évolué rapidement. « Beaucoup de choses ont été faites au niveau national et international ; il n’y en a jamais eu autant sur l’épidémiologie des eaux usées en si peu de temps », constate-t-il. « Seuls deux virologues s’y intéressaient en France il y a trois ans ! Tout cela nous aide aussi en terme de méthodes, suivis et calculs. On avance donc en parallèle et c’est intéressant. » Le chercheur a même vu des laboratoires départementaux s’équiper dans ce sens et adhérer au réseau Obépine afin d’aider les agriculteurs dans leur suivi.

« Avant la pandémie, nous ne faisions pas du tout ce suivi dans les eaux usées, » rappelle-t-il, « je suivais les bactéries dans les eaux usées et ma collègue Sophie Alain les virus sur l’homme. Nous avons été opérationnels rapidement pour le Covid-19 car nous avions les deux compétences.»

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